Prof. Schlotter hat einen fiesen Plan: Mit Hilfe von Minirobotern will er Menschen zu willenlosen Marionetten machen. Seine Arbeit testet er an dem ahnungslosen Großvater von Nano. Als Nano von der Sache erfährt, will er seinem Großvater helfen und ihn von dem Roboter befreien. Durch ein spezielles Verfahren werden Nano, seine Freundin Lilly und der rosa Hase Rappel zusammen klein geschrumpft, um dann mit einem winzigen Raumschiff auf die Reise durch das Innere des menschlichen Körpers geschickt zu werden.