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Eine zentrale Frage, die sich die Filmemacher bezüglich der optimalen Umsetzung des Filmstoffs stellten, war: Wie animiert man Coralines Abenteuer am besten? Stop-Motion-Animation wie in „The Nightmare Before Christmas“ und auch in „James und der Riesenpfirsich“ stand in Henry Selicks Vision für „Coraline“ auf Platz eins. Obwohl er und Produzent Bill Mechanic auch computergenerierte Animation und/oder Live-Action in Betracht zogen, entschied Selick, dass „diese Story perfekt für Stop-Motion-Animation ist“. Autor Neil Gaiman stimmte dem entschieden zu: „Stop-Motion vereint Fantasie mit einer fassbaren, soliden Realität. Henrys Arbeit mit diesem Medium hat mein Herz im Sturm erobert.“
Das Stop-Motion-Verfahren war, ist und wird immer herausragend, hoch spezialisiert und für den Zuschauer besonders mitreißend sein. Frame für Frame (wobei es in einem Spielfilm jeweils 24 Frames pro Sekunde gibt) verändern und manipulieren die Animations-Spezialisten auf subtilste Weise reale Objekte (Figuren, Ausstattung, Sets, etc.) auf einer Stage. Jedes Frame wird für die Kamera fotografiert. Wenn dann die Tausenden abfotografierten Frames hintereinander abgespielt werden, sind die Figuren und ihre Umwelt in fließenden und fortlaufenden Bewegungen animiert. Es ist handgemachte Filmmagie.
Ein Stop-Motion-Film ist mit einem Live-Action-Spielfilm vergleichbar, denn beide brauchen real existierende Sets, die aufgebaut und ausgestattet werden müssen, genau wie Darsteller, die man frisieren, einkleiden, ausleuchten und denen man Regieanweisungen geben muss. Doch die gesamte Welt des Films entspringt der Vorstellungskraft, insbesondere der Vision der kreativen Köpfe der Animations-Fachleute, die diese Figuren für jedes einzelne Frame jeweils Millimeter für Millimeter in Bewegung setzen. In genau diesen Bewegungen entsteht die einmalige Qualität dieser Art des Filmemachens. Henry Selick meint: „Das Wunder von Stop-Motion, und gleichzeitig einer der Gründe, weshalb ich dieses Verfahren so magisch finde, liegt in dem, was man sieht, wenn eine Stop-Motion-Figur lebendig wird: Es ist eine echte Performance des Animations-Spezialisten durch die Figur. Sie müssen sich fortbewegen, ihre Markierungen einhalten und ihre Dialoge aufsagen, wie es auch ein lebendiger Schauspieler tun würde.“
Als allererstes Beispiel für Stop-Motion im Kino gilt der Kurzfilm „The Humpty Dumpty Circus“ von 1898, in dem die britischen Auswanderer Albert E. Smith und James Stuart Blackton dieses revolutionäre Verfahren als Pioniere einsetzten, um einen Spielzeugzirkus mit Spielzeugakrobaten zum Leben zu erwecken.
1982 realisierte Tim Burton, damals Conceptual Artist bei Disney, den Kurzfilm „Vincent“ gemeinsam mit Disney-Animationsfachmann Rick Heinrichs. Gedreht wurde in expressionistischem Schwarz-Weiß, die Stimme des Erzählers lieferte Vincent Price, und realisiert wurde der Film im Stop-Motion-Verfahren. Ein Jahrzehnt später verwirklichte Burton mit einem handverlesenen Team von Künstlern und Fachleuten das Bahn brechende Stop-Motion-Musical „The Nightmare Before Christmas“, basierend auf seiner Original-Story und gewann Selick, seinen einstigen Studienkameraden bei CalArts und Kollegen bei Disney, für die Regiearbeit an diesem Spielfilm. Der Regisseur erinnert sich: „Es war ein sehr, sehr mühsames Projekt, doch wir wussten, dass daraus ein echt cooler Film werden würde. Mit „Nightmare“ haben wir Stop-Motion auf eine ganz neue Ebene gehoben, was Kamerabewegungen, Beleuchtung, Stimmung usw. angeht.“
Bei „Coraline“ sollte das Stop-Motion-Verfahren wie nie zuvor betrieben werden, sodass die Geschichte „durch Henrys Welt gesehen werden kann“, erklärt Neil Gaiman. „Ich war so glücklich, als er zum ersten Mal ‚Action!’ rief, und ich wusste, es würde großen Spaß machen. Er war der Künstler, der mit seiner Vision und seinem Humor etwas ganz Besonderes hervorbringen würde – das auch noch extrem coole Sachen enthält.“